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  • Tomo I
    • Crea el «Fondo Histórico y Bibliográfico José Toribio Medina»
      • Nómbrase a los encargados de fundar el Tribunal del Santo Oficio en el Perú. -Provisiones que se dieron a los Inquisidores. -Viaje hasta Nombre de Dios. -Impresiones que allí produce su llegada. -Primeras causas falladas por el Tribunal. -Muerte del doctor Bustamante. -Establécese la Inquisición en Panamá. -Viaje hasta Lima. -Diligencias para encontrar casa en que asentar el Tribunal. -Conducta del Arzobispo. -Nombramiento del alguacil y receptor. -Recibimiento del Tribunal. -Edicto. -Excepción establecida a favor de los indios.
      • Estado del Virreinato del Perú a la fecha de la fundación del Tribunal del Santo Oficio. -Instancias hechas al Rey y al Consejo de Inquisición para el establecimiento del Tribunal en el Perú. -Los Obispos inquisidores ordinarios.
      • Dos canónigos de la Catedral de Lima son aprehendidos y castigados. -Primeros trabajos. -Dificultades para nombrar comisarios. -Los detenidos en las cárceles comienzan a enfermarse. -Empeños para obtener algunos puestos. -Rencillas entre los ministros del Tribunal.
      • Llega a Lima el nuevo inquisidor Antonio Gutiérrez de Ulloa. -Reos procesados. -Primer auto de fe. -Causa de Mateo Salado.
      • Proceso de Fray Francisco de la Cruz. -Ídem de Fray Alonso Gasco. -Ídem de Fray Pedro de Toro. -Ídem de María Pizarro. -Otros cómplices de Cruz. -Causa del jesuita Luis López. -Auto de fe de 13 de abril de 1578.
      • Modo de proceder del Santo Oficio. -Formación de causa. -De los testigos. -De los reos. -Del tormento. -De la abjuración. -Relajación al brazo secular. -El auto de fe. -Sambenitos. -Prohibición de usar seda y montar a caballo. -Cárcel perpetua. -Pena de galeras. -Confiscación de bienes. -Delitos de que conocía el Santo Oficio.
      • Causa de Gracia González. -Ídem de Elvira Rodríguez. -Fray Juan de Aillón. -Fray Pedro Clavijo. -Fray Pedro de Aguiar. -Luis Enríquez de Guzmán. -Antonio Hernández. -Rodrigo de Herrera. -Cosme Ramírez. -Luis Darmas y varios otros. -Suceso de Riobamba.
      • Continúan los procesos. -Relación del auto de fe de 29 de octubre de 1581. -Causa de Juan Bernal.
      • Edictos y comisarios. -Diferencias con los obispos. -Persecución a extranjeros. -El obispo del Cuzco prende al comisario del Santo Oficio. -Acusaciones al prelado de Tucumán. -El obispo de Popayán y el comisario de la Inquisición. -Los inquisidores declaran que sus ministros son aborrecibles. -Disgustos con el Virrey. -Incidente de Gonzalo Niño. -Dos casos consultados al Consejo. -Causas falladas hasta 1585.
      • Partida y muerte de Cerezuela. -Cambios en el Tribunal. -Arreglos de la casa. -Amueblado de las salas. -Situación de los presos. -Quejas contra Gutiérrez de Ulloa. -Exposición del Virrey. -Nombramiento de un visitador.
      • Facultades concedidas al visitador. -Llegada de Ruiz de Prado. -Preséntase en el Tribunal reclamando antigüedad. -Comienza a entender en la visita. -Auto de fe de 30 de noviembre de 1587. -Juan Millar es quemado vivo. -Causas falladas fuera de auto. -Cargos que resultan contra comisarios. -Examen de las causas falladas hasta esta época. -Cargos contra ministros del Tribunal. -Declaraciones prestadas contra Gutiérrez de Ulloa. -Ruiz de Prado despacha al secretario a España llevando los expedientes de visita. -Ulloa acusa al visitador. -El Virrey manda dar tormento al abogado de la Inquisición. -Es por esto excomulgado. -El Consejo ordena a Ruiz de Prado que vaya a dar cuenta de su comisión.
      • Los Inquisidores denuncian a Santo Toribio de enemigo de la Inquisición. -Siguen los procesos. -Auto de fe de 5 de abril de 1592. -Causas falladas fuera de auto.
      • Llega a Lima el nuevo inquisidor Antonio Ordóñez y Flores. -Denuncias que en su contra se envían al Consejo. -Ordóñez acusa a sus subalternos. -Auto de 17 de diciembre de 1595. -Reos penitenciados fuera de auto. -Nuevas acusaciones contra Gutiérrez de Ulloa. -Su prisión y muerte.
      • Auto de 10 de diciembre de 1600. -Causas despachadas fuera de auto hasta fines de marzo de 1601.
      • Sentencia recaída en el juicio de visita. -Muerte de Ruiz de Prado y nombramiento de inquisidor de Francisco Verdugo. -Persecuciones contra portugueses. -Cuidados que ocasionan al Tribunal las arribadas de buques a Buenos Aires. -Precauciones aconsejadas por el Consejo para prevenir la entrada de herejes en el virreinato. -Proyecto para establecer un nuevo Tribunal en Tucumán. -Causas falladas desde abril de 1601 hasta marzo de 1603. -Ídem hasta 1606. -Auto de fe de 13 de marzo de 1605. -Celébrase nuevo auto de fe en 1.º de junio de 1608. -Descripción del acompañamiento. -Reos procesados hasta el año de 1612. -Llega a Lima el inquisidor Andrés Juan Gaitán. -Promoción de Ordóñez. -Créase el Tribunal de Cartagena.